Это не альтернативы — они действуют на разных уровнях. Spring MVC — это отдельный модуль Spring Framework (веб-уровень/REST на основе DispatcherServlet); Spring Boot — это гораздо более широкий инструмент, который автоматически настраивает Spring MVC для вас как лишь одну из многих вещей, которые он подключает, наряду со встроенным сервером, доступом к данным и безопасностью.