Каков порядок приоритета, если одно и то же свойство установлено в файле application.yml, файле, специфичном для профиля, и переменной среды?

Грубо говоря, от высшего к низшему приоритету: аргументы командной строки, переменные среды, application-{profile}.yml, базовые записи application.yml, @PropertySource и, наконец, значения по умолчанию, жестко закодированные в классах @ConfigurationProperties. Это то, что позволяет одному и тому же артефакту сборки работать без изменений в разных средах, при этом переменные env переопределяют упакованную конфигурацию.

Пример

@WebMvcTest(OrderController.class)
class OrderControllerTest {

    @Autowired MockMvc mockMvc;
    @MockBean OrderService orderService; // real service NOT loaded - only the web layer is

    @Test
    void returns404WhenOrderMissing() throws Exception {
        given(orderService.findById(1L)).willThrow(new OrderNotFoundException(1L));

        mockMvc.perform(get("/api/orders/1"))
            .andExpect(status().isNotFound())
            .andExpect(jsonPath("$.code").value("ORDER_NOT_FOUND"));
    }
}

Итог

Грубо говоря, от высшего к низшему приоритету: аргументы командной строки, переменные среды, application-{profile}.yml, базовые записи application.yml, @PropertySource и, наконец, значения по умолчанию, жестко закодированные в классах @ConfigurationProperties.