Как Spring Boot решает, какие классы автоконфигурации применять при запуске?

Он загружает классы-кандидаты @AutoConfiguration, перечисленные в AutoConfiguration.imports, затем оценивает аннотации @Conditional* каждого из них (@ConditionalOnClass, @ConditionalOnMissingBean, @ConditionalOnProperty и т. д.) — только классы, условия которых выполняются, фактически вносят компоненты в контекст.

Пример

@SpringBootTest(webEnvironment = SpringBootTest.WebEnvironment.RANDOM_PORT)
class OrderIntegrationTest {

    @Autowired TestRestTemplate restTemplate;

    @Test
    void placesOrderEndToEnd() {
        var response = restTemplate.postForEntity("/api/orders", newOrderRequest(), OrderResponse.class);
        assertThat(response.getStatusCode()).isEqualTo(HttpStatus.CREATED);
    }
}

Итог

Он загружает классы-кандидаты @AutoConfiguration, перечисленные в AutoConfiguration.imports, затем оценивает аннотации @Conditional* каждого из них (@ConditionalOnClass, @ConditionalOnMissingBean, @ConditionalOnProperty и т. д.) — только классы, условия которых соответствуют требованиям, действительно вносят свой вклад.