Если вы определяете свой собственный bean-компонент DataSource, почему он не конфликтует с тем, который в противном случае создал бы автоконфигурация Spring Boot?

Метод компонента DataSourceAutoConfiguration охраняется @ConditionalOnMissingBean(DataSource.class). Поскольку ваш собственный bean-компонент DataSource регистрируется первым, условие не выполняется, и автоконфигурация автоматически прекращает работу вместо создания дублирующего/конфликтующего bean-компонента.

Пример

@AutoConfiguration
@ConditionalOnClass(DataSource.class)
@ConditionalOnMissingBean(DataSource.class)
@EnableConfigurationProperties(DataSourceProperties.class)
public class DataSourceAutoConfiguration {
    @Bean
    public DataSource dataSource(DataSourceProperties properties) {
        return properties.initializeDataSourceBuilder().build();
    }
}

Итог

Метод компонента DataSourceAutoConfiguration охраняется @ConditionalOnMissingBean(DataSource.class).