В общем,
- встроить удобно, если у вас есть отношения «один-к-одному» или «один-ко-многим» между сущностями, и
- ссылка удобна, если у вас есть отношения «многие ко многим».
Также учтите, что, как общее правило, если у вас много [дочерних документов] или они большие, лучше всего создать отдельную коллекцию. Меньшие и/или меньшие по размеру документы обычно подходят для встраивания.
Итог
Ключевой вывод для интервью: отношения MongoDB. Что использовать — вставку или ссылку?