Абсолютный путь начинается с / и не зависит от текущего каталога; относительный считается от pwd — в скриптах и unit-файлах абсолютные пути предсказуемее.
Разбор
cd /var/log vs cd ../log из другого места дают разный риск ошибки.
- В cron/systemd working directory может отличаться от интерактивного shell.
~ и $HOME раскрываются shell'ом; в некоторых unit'ах нужна явная подстановка.
- Симлинки меняют «видимый» путь —
readlink -f показывает канонический.
Итог
Для автоматизации предпочитайте абсолютные пути и явную проверку существования.