Коротко
Организуй вокруг возможностей продукта и границ зависимостей, а не универсального шаблона папок.
- Маленький public API у модуля.
- Волатильная инфраструктура — за adapters.
- Колокация того, что меняется вместе.
- Явное направление зависимостей.
- Composition и plain functions/objects; classes/inheritance — когда есть настоящий subtype-контракт.
Глубокие слои controllers/services/utils/helpers так же размазывают фичу, как один giant-файл её склеивает. Начни просто, рефакторь, когда паттерны изменений проявят границу.
Итог: структура следует изменению и зависимостям, а не моде на папки.