Да, это разные уровни
window — глобальный объект браузерного контекста: viewport, location, history, localStorage, таймеры, fetch.
document — DOM текущего документа: дерево узлов, querySelector, cookies документа, documentElement.
window.document === document;
document.defaultView === window;
Связь
document живёт внутри browsing context, которым владеет window. В Worker нет window/document в том же виде.
Итог
window — среда вкладки/фрейма; document — содержимое HTML-страницы как объектная модель.