Для коммита с сообщением используйте:
git commit -m "сообщение"
Флаг -a в git commit -a автоматически добавляет в коммит все отслеживаемые файлы с уже изменённым содержимым (без новых untracked).
Разбор
Перед первым коммитом новых файлов их нужно добавить в index:
или добавить всё:
После этого выполните git commit -a или обычный git commit.
Итог
Коммит = git add (если нужно) + git commit; -a коммитит только изменения tracked-файлов.