Как убрать файл из Git, не удаляя его с диска?

git rm удалит файл и из index, и из filesystem. Чтобы только unstage/untrack, используйте git reset или git rm --cached.

Команды

git reset HEAD filename          # unstage (legacy)
git restore --staged filename    # modern unstage
git rm --cached filename         # перестать отслеживать, файл остаётся на диске
echo filename >> .gitignore      # не добавить снова случайно

git reset <paths> — обратная операция к git add <paths> для index.

Итог

git rm --cached или unstage + .gitignore — файл на диске, но не в repo.